O curso de Mestrado Profissional do Programa de Pós-graduação em Ensino de Ciências e Matemática (PPGECM) visa proporcionar a formação continuada a profissionais qualificados para o exercício da prática profissional avançada e transformadora de procedimentos no ensino das Ciências ou da Educação Matemática, buscando atender demandas sociais, organizacionais ou profissionais e do mercado de trabalho. Como consequência, a inserção da educação científica e tecnológica em todos os espaços da educação formal e não formal, bem como para sua reflexão contínua e crítica. Neste sentido, pretende-se oferecer uma visão crítica da formação de professores nos cursos de licenciatura, oportunizando a revisão de objetivos, currículos e programas. Portanto, o curso de Mestrado Profissional do PPGECM aprofunda as discussões e o pensar a formação de professores como processo contínuo, que subsidia o desenvolvimento de uma visão ampla e crítica em relação ao ensino de Ciências (Biologia, Física e Química) e Matemática, desenvolvendo ações sistemáticas e interativas entre as áreas em nível nacional e internacional, de modo a proporcionar condições para abordagem e desenvolvimento de temas, projetos e produtos educacionais sob uma ótica interdisciplinar.

Durante o curso, o mestrando cursará disciplinas obrigatórias e eletivas (optativas), com professores das área de Física, Química, Biologia e Matemática com ampla experiência na Educação Básica e no Magistério Superior. Ao final, o mestrando deverá apresentar uma dissertação sobre o projeto de pesquisa desenvolvida na linha de pesquisa Ensino de Ciências e Matemática, sob a orientação de um(a) dos(as) docentes credenciados(as) no PPGECM.

Além disso, no Mestrado Profissional, diferentemente do mestrado acadêmico, "o mestrando necessita desenvolver um processo ou produto educativo e aplicado em condições reais de sala de aula ou outros espaços de ensino, em formato artesanal ou em protótipo. Esse produto pode ser, por exemplo, uma sequência didática, um aplicativo computacional, um jogo, um vídeo, um conjunto de vídeo-aulas, um equipamento, uma exposição, entre outros. A dissertação deve incluir necessariamente o relato fundamentado da aplicação do produto educacional desenvolvido" (Documento Orientador de APCN - Área 46 - Ensino, da Capes, 2019, p. 5-6).